Разница, о которой нужно помнить:
ano futari ga hanasu no wo kikimasita - я слышал, как они говорили
ano futari ga hanasita koto wo kikimasita - я слышал, о чем они говорили
watasi wa kuruma ga tomaru no wo mimasita - я видел, как машина остановилась
watasi wa kuruma ga tomatte iru no wo mimasita - я видел, что машина стояла
И еще в тему о субстантиваторах: при сопоставлении или противопоставлении после koto вместо ga употребляют ha. hanasu koto ha sukosi dekimasu ga, kaku koto ha dekimasen.
ano futari ga hanasu no wo kikimasita - я слышал, как они говорили
ano futari ga hanasita koto wo kikimasita - я слышал, о чем они говорили
watasi wa kuruma ga tomaru no wo mimasita - я видел, как машина остановилась
watasi wa kuruma ga tomatte iru no wo mimasita - я видел, что машина стояла
И еще в тему о субстантиваторах: при сопоставлении или противопоставлении после koto вместо ga употребляют ha. hanasu koto ha sukosi dekimasu ga, kaku koto ha dekimasen.